航路は東海岸の大原へと北西海岸の上原への2航路があります。
旅行者の多いのは大原港（写真下）で、仲間川に行く観光客で賑わっています。
「歩き方」で詳しく説明しますが、西表島に行く最大の目的はジャングルとマングローブ・滝を見ることですから、大原港なら仲間川、上原港なら浦内川とヒナイ川が近いので、計画をたてるときはこれらのメインで訪れる場所で港を決めるべきです。

欠航になった場合は大原まで行き、そこから送迎バスで行くことになりますが、上原から片道55分余分に時間がかかるので要注意です。
欠航しやすい冬場は大原を起点としレンタカーで回る計画にしておいた方が変更も利くし時間的に有利になります。